Z-ARG-LEU-ARG-GLY-GLY-AMC CAS 167698-69-3

To bieži izmanto kā peptīdu substrātu SARS{0}}CoV PLpro (smags akūts respiratorais sindroms koronavīrusa papaijai līdzīgai proteāzei). SARS-CoV ir koronavīruss, un tā PLpro ir galvenais vīrusa replikācijas procesa enzīms, kas piedalās vīrusu polimēru proteīnu apstrādē. Tāpēc tai ir svarīga pielietojuma vērtība SARS-CoV replikācijas mehānisma izpētē, pretvīrusu zāļu skrīningā un vakcīnu izstrādē.

Tas var kalpot arī kā fluorescējoša zonde bioloģiskai attēlveidošanai un šūnu lokalizācijas pētījumiem. AMC (aminometilkumarīna) grupas klātbūtnes dēļ šim peptīdam piemīt fluorescences īpašības un tas var izstarot fluorescenci ierosmes laikā. Tas ļauj marķēt specifiskas molekulas vai struktūras šūnās un audos, tādējādi atklājot bioloģisko procesu dinamiskās izmaiņas.

To var izmantot arī augstas{0}}caurlaidības inhibitoru skrīningam un nepārtrauktai analīzei. Zāļu izstrādes procesā ir ļoti svarīgi atrast savienojumus, kas var efektīvi inhibēt noteiktu enzīmu vai proteīnu aktivitāti. Kā PLpro peptīdu substrātu to var izmantot kopā ar potenciālajiem inhibitoriem, lai novērtētu to aktivitāti, mērot substrāta hidrolīzes ātruma izmaiņas. Šīs metodes priekšrocības ir liela caurlaidspēja, augsta jutība un augsta specifika, kas var ievērojami paātrināt zāļu skrīninga procesu.

Turklāt to var izmantot arī imunoloģiskajiem pētījumiem. Peptīdu vielām ir svarīga loma imūnsistēmā un tās var piedalīties imūnreakcijā kā antigēni vai antivielas. Z-ARG-LEU-ARG-GLY-AMC īpašā secība un struktūra var nodrošināt tai imunogenitāti vai imūnreaktivitāti, padarot to piemērotu antivielu, vakcīnu vai imūndiagnostikas reaģentu pagatavošanai.

PLpro ir atbildīgs par vīrusa poliproteīnu apstrādi un saimniekorganisma imūnsistēmu aizbēgšanu, un tas ir galvenais pretvīrusu zāļu mērķis. Z-LRGG-AMC kā PLpro specifiskam substrātam ir vairāk nekā trīs reizes lielāka šķelšanās efektivitāte nekā tradicionālajiem substrātiem, piemēram, Z-Gly-Gly Arg AMC. Zāļu skrīningā potenciālās pretvīrusu zāles var ātri identificēt, nosakot savienojumu inhibīcijas ātrumu Z-LRGG-AMC PLpro šķelšanā.

For example, a study used this substrate to screen candidate molecules with inhibition rate>90% no 100 000 savienojumu bibliotēkas, nodrošinot galveno atbalstu pretvīrusu zāļu, piemēram, remdesivir, izstrādei. Salīdzinot dažādu vīrusu celmu PLpro griešanas efektivitāti uz Z-LRGG-AMC, var atklāt vīrusa variācijas ietekmi uz proteāzes aktivitāti. Piemēram, SARS-CoV-2 PLpro izgriešanas ātrums uz Z-LRGG-AMC ir 1,5 reizes ātrāks nekā SARS-CoV PLpro, kas liecina, ka tam var būt spēcīgāka saimniekorganisma imūnregulācijas spēja.

IPaseT un citi DUB regulē olbaltumvielu sadalīšanos, atdalot ubikvitīna C-gala secību. Z-LRGG-AMC simulē ubikvitīna C-gala struktūru ar kcat/Km vērtību 18 M⁻¹ s⁻¹, padarot to par ideālu substrātu DUB kinētikas pētīšanai. Piemēram, vēža pētījumos saistību starp olbaltumvielu homeostāzes nelīdzsvarotību un audzēja progresēšanu var novērtēt, nosakot DUB šķelšanās aktivitāti uz Z-LRGG-AMC audzēja šūnās.

Apvienojumā ar fluorescences rezonanses enerģijas pārneses (FRET) tehnoloģiju Z-LRGG-AMC var izmantot intracelulārās ubikvitinācijas modifikācijas procesu{2}}reāllaika izsekošanai. Piemēram, neirodeģeneratīvas slimības modelī alfa sinukleīna ubikvitinācijas līmeņa noteikšana atklāj saistību starp tā agregāciju un proteasomu disfunkciju.

384 iedobju plāksnē Z-LRGG-AMC tika sajaukts ar testa savienojumu, un fermentu inhibitori tika ātri pārbaudīti, mainot fluorescences signālu. Šai metodei ir liela caurlaidspēja (var pārbaudīt tūkstošiem savienojumu dienā) un zemas izmaksas (izmaksas par vienu poru).<0.1 USD), and has become a standard process for drug development. By changing the substrate concentration, the Km (Michaelis constant) and Vmax (maximum reaction rate) of the enzyme on Z-LRGG-AMC were determined, providing a theoretical basis for inhibitor design. For example, a study used this substrate to determine a Km value of 12 μ M for PLpro, providing key data for optimizing inhibitor affinity.